保税仓储的管理有一套严格的电子系统，该系统需要能够对接国内和国外物流服务商系统，实现物流数据对接，同时也需要能够对接跨境综合服务平台，对于客户的采购订单进行管理。
该系统是专为保税仓储企业量身打造的仓储系统，同样支持传统仓储管理的PAD条码扫描功能、RFID、出口入库、上架、同时还支持在线报关申请、货位管理；同时还有财务模块、数据报表模块。
软件的好坏，影响着每天进库多少、出库多少等直接影响到公司的利润，仓库管理软件可以帮助快速记录相关数据，从而大提高工作效率。
现代企业大多数为方便库房管理，提高管理效率，提高库房管理信息化以及节约劳动力成本而采用一种智能化、人性化的企业库房管理软件，它以计算机运行为依托，主要为解决现代企业的库房管理难题。
保税仓库应当按照海关批准的存放货物范围和商品种类开展保税仓储业务。
1．保税仓储货物进仓
（1）经海关批准，下列货物可以存入保税仓库：
a．加工贸易进口货物；
b．转口货物；
c．供应航行船舶和的油料、物料和维修用零部件；
d．供维修外国产品所进口寄售的零配件；
e．外商暂存货物；
f．未办结海关手续的一般贸易货物；
g．经海关批准的其他未办结海关手续的货物。
（2）有下列情况的货物不得存入保税仓库：
a．海关规定不得存入保税仓库的货物，如汽车、办公用品、家用电器等；
b．按规定须提供许可而企业不能提供的货物，如易化学品、军民用化学品、废旧物资等；
c．申报进仓货物**经营范围的；
d．申报进仓货物**仓储能力的；
e．申报进口备料仓库的保税货物**企业年加工生产能力。
保税物流园
保税区（物流园，仓）都是有境内关外的政策，即货物从国内进入保税区视同出口，反之等于进口，说白了保税区就等于是国外的地方，国内入保税区则出口，保税区入国内等于进口。所以如果你是一般贸易企业，可以先一般正常出口（与在码头或皇岗正常出口的手续一样）到保税区，然后让转入方加工贸易企业在保税区办理进口（手册进口），这样完全附合加工贸易企业的企业性质：加工贸易企业的原材料必需从国外进口。
1. 免税存储中心：统一采购、分批销售
如：贸易商，从海外或国内统一采购原材料或成品，再销售给国内工厂或企业。因为销售给国内各企业其报关方式不同，无法统一进口，则可以利用保税仓暂免交税的功能暂存，再根据生产需要安排实际报关进口、配送，以减轻资金压力。
大型生产企业，规模大，分厂多，统一从海外或国内采购原料，因各家分厂报关方式不同及手册周转不良原因，无法同时安排进口报关，可利用保税仓暂免交税的功能，作暂存，再根据进度安排实际进口。
此种情况下可在保税区设立配送中心。
2. 分拣、配送中心
发达的零售商，在中国向供应商采购商品，原有传统方式是到目的国后再根据零售点面的销售需求进行分拣配送货物，但发达人力成本、仓储成本高，间接造成物流成本的高企。
此情况，可在采购商品后存于保税仓，利用国内的低廉的人工、仓储成本，将分拣配送功能前移，达到分拣后出口的货物能直接进入零售方的门店销售模式。
3. 出口拼柜、进口集货
一些大型采购商或生产企业，采购料件或成品进口或出口时，针对中、小量的货物，需要进行拼柜运输，以降低物流成本。此情况，可在保税物流园区设立集散中心。
4. 转手贸易（加工等增值服务）
贸易商或国内贸易商，因业务需要，需要对产品外包装进行改再作终销售，故可在保税仓设立加工中心。
5、特色服务：保税区检测检修
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